Webb zgłasza się do CIA i zostaje wciągnięty do programu przez Neala Danielsa, kierownika programu Treadstone, pod nadzorem dr. Alberta Hirscha, który nadzoruje ocenę medyczną agentów Treadstone. Trafia do tajnego centrum rekrutacyjnego w Nowym Jorku, gdzie Hirsch każe go torturować przez wiele dni – metodą waterboardingu i pozbawiania snu – aby złamać jego ducha i umożliwić mu przekształcenie się w zabójcę. Oficjalnie zostaje przyjęty, gdy bez pytania zabija niezidentyfikowanego mężczyznę (domniemanego jako prawdziwy Jason Bourne). Następnie otrzymuje nową tożsamość jako Jason Bourne, a jego prawdziwa tożsamość zostaje objęta klauzulą ​​tajności.

Po intensywnym treningu, podczas którego uczy się kilku języków i opanowuje szeroki wachlarz umiejętności sztuk walki, Bourne trafia do programu Treadstone, którego misjami kieruje Conklin. Jego pierwsze, nieoficjalne zadanie, jak się okazuje, miało miejsce w Berlinie: zabójstwo Władimira Neskiego, rosyjskiego polityka, który zamierzał ujawnić kradzież 20 milionów dolarów z tajnych funduszy CIA przez dyrektora Treadstone, Warda Abbotta, i rosyjskiego oligarchę, Jurija Gretkowa.