Na rozkaz Conklina, Bourne morduje Neskiego i jego żonę, upozorowując morderstwo z samobójstwem.

Bourne pracuje w programie jako główny agent przez trzy lata, stacjonując w Paryżu, gdzie prowadzi odosobnione życie, dokonując jednocześnie zamachów, głównie w Europie. Jego oficjalnym opiekunem jest agentka logistyczna Nicky Parsons, również stacjonująca w Paryżu, która rzekomo żywi do Bourne uczucia, które ukrywa przed pracodawcami z Treadstone.

Przełom w jego życiu następuje po otrzymaniu rozkazu zamordowania Nykwany Wombosiego, wygnanego afrykańskiego watażki, który szantażował CIA, by przywróciła go na stanowisko głowy państwa, w obawie przed ujawnieniem kilku sekretów CIA. Używając pseudonimu John Michael Kane, Bourne zbiera informacje o Wombosim. Włamuje się na jacht watażki i ukrywa się na nim przez pięć dni, wynurzając się w zimną noc na środku Morza Śródziemnego, zamierzając zaaranżować morderstwo tak, aby wyglądało na to, że Wombosi został zabity przez członka załogi. Jednak Wombosi jest otoczony przez swoje dzieci, a Bourne nie jest w stanie go zabić.