Pod koniec XVI wieku obiekt został otoczony dodatkowym murem obronnym z dwunastoma basztami, który zastąpił dotychczasową palisadę. Dzięki temu wytrzymał szesnastomiesięczne oblężenie prowadzone przez wojska polsko-litewskie rozpoczęte we wrześniu 1608. Śladem po nim są zachowane pociski w murach monasteru.
Kompleks klasztorny został poważnie rozbudowany w XVIII wieku, kiedy młody Piotr Wielki dwukrotnie ukrywał się przed przeciwnikami politycznymi w murach klasztoru, oczekując na nadejście wiernych sobie jednostek wojskowych. Wzniesiono wówczas carski pałac „Czertogi”, pięciokopułową cerkiew św. Jana Chrzciciela ponad bramą monasteru, rozbudowano budynki mieszkalne dla mnichów, zaś nad wykopanym w 1644 świętym źródłem na klasztornym dziedzińcu zbudowano ozdobną studnię. Protektorką monasteru była również caryca Elżbieta, która corocznie pielgrzymowała pieszo do monasteru, któremu w 1744 nadała godność ławry. Wówczas to na jego czele stanął metropolita moskiewski, a klasztor otrzymał statut stauropigii. Oznaczało to, iż mimo posiadania zwierzchnika spośród braci – archimandryty, uzależniony był odtąd bezpośrednio od lokalnego biskupa.