Oprócz Dreli, jezioro zasilane jest przez pomniejsze, sezonowe dopływy. Największe z nich znajdują się w pobliżu wsi Wilamowo i Sople. Jako część kanału Elbląskiego, Ruda Woda łączy się na południu z jeziorem Rakówka (niem. Krebs), a dalej z jeziorem Ilińsk oraz na północy z jeziorem Sambród. Dodatkowo, na wschodnim brzegu akwenu, cztery kilometry od jego południowego krańca, usytuowane jest wejście do Kanału Duckiego. Kanał ten o długości ok. 1,5 km łączy jezioro Ruda Woda z położonym nieopodal jeziorem Bartężek (niem. Bärting See).thumb|Mapa batymetryczna jeziora Ruda Woda|347x347px
Batymetria thumb|left|Profile głębokości jeziora Ruda Woda. Profile wzdłuż linii zaznaczonych na różnych odcinkach jeziora pokazują stopniowy wzrost głębokości od północy do południa|300x300px Dno jeziora Ruda Woda jest typowe dla struktur utworzonych przez rzeki erodujące podłoże pod lodowcem. Zróżnicowana siła nacisku wywierana przez masy lodu spowodowała, że rzeki rzeźbiły dno jeziora w różnych kierunkach, tworząc liczne zagłębienia i płycizny.