Postępowanie z odpadami Kolejnym celem projektu jest zamiana odpadów w energię i zredukowanie ich do zera. Odpady nieorganiczne z całego miasta będą podlegać recyklingowi, zaś organiczne trafią jako paliwo do elektrowni. Miasto nie będzie więc wywozić żadnych odpadów i ma cechować się minimalnym oddziaływaniem ekologicznym: zużycie wody i energii ma wynosić jedną czwartą zużycia podobnej wielkości miast. Przekładając to na liczby, miasto Masdar zaoszczędzi ropę naftową wartą ponad 2 mld dolarów w ciągu 25 lat.
Wszystkie składniki odżywcze mogą być odzyskane i użyte do stworzenia gleby, jako część wymagań projektowania (parków, ogrodów itp.), jak również osad ściekowy, który poddany zostanie programowi recyklingowemu. Materiały budowlane w mieście będą pochodzić z recyklingu, drewno – z racjonalnie zarządzanych lasów, z tzw. certyfikatem FSCFSC Polska.. Żywność w sklepach – z upraw ekologicznych, słodka woda – z pobliskiej Zatoki Perskiej, której wody będą w specjalny sposób oczyszczane i odsalane.