Emisje związane z budową Ideą jest zbudowanie miasta, w którym nie będzie śladu dwutlenku węgla. Dlatego też pozyskanej energii słonecznej będzie zasilana większość maszyn budowlanych. Jednakże ze względu na to, że część urządzeń służących do budowy zużywa paliwo, pewna ilość dwutlenku węgla zostanie wyemitowana do atmosfery. Rozwiązaniem miasta ma być zbalansowanie tej emisji poprzez zasadzenie drzew albo skierowanie nadmiaru energii słonecznej do sieci elektroenergetycznej Abu Dhabi.
System wychwytywania, użytkowania i składowania CO2 Masdar jest pionierem wychwytywania dwutlenku węgla, jego użytkowania i składowania (Carbon Capture, Use and Storage(CCUS)) w Zjednoczonych Emiratach Arabskich.
Jest liderem w redukcji emisji dwutlenku węgla poprzez zaawansowane projekty, które wprowadzają znaczące redukcje emisji w ZEA. CCUS jest jedną z kluczowych technologii, które przyczyniają się do skutecznego zmniejszenia emisji dwutlenku węgla (CO2) do atmosfery i walki ze zmianami klimatycznymi.
Długoterminowe cele Masdar w CCUS obejmują budowę krajowej sieci, która przechwytuje dwutlenek węgla z energetyki i przemysłu, a z jego pomocą intensyfikują wydobycie ropy naftowej.