W związku z powstaniem Litwy Środkowej 9 października 1920 gmina wraz z główną częścią powiatu wileńskiego znalazła się w jej strukturachDz. Urz. TKR. Wyodrębniono z niej wtedy miasto Podbrodzie. Po demarkacji granic Litwy Środkowej w 1921 roku gmina została podzielona na dwie gminy – polską gminę Janiszki (część wschodnia) i litewską gminę Janiszki (część zachodnia).
Polska gmina Janiszki (1921–1929) Wschodnia część gminy Janiszki znalazła się w granicach II RP. Ponieważ Janiszki przeszły pod kontrolę litewską, siedzibę polskiej gminy ulokowano w OrnianachMAPA rozsiedlenia ludnosci litewskiej i północnej I RP. 13 kwietnia 1922 roku gmina weszła w skład objętej władzą polską Ziemi Wileńskiej – Art. 8. (powiat wileński połączono z powiatem trockim w nowy powiat wileńsko-trocki).
1 stycznia 1926 gminę przyłączono do powiatu święciańskiego w Ziemi Wileńskiej, przekształconej 20 stycznia 1926 w województwo wileńskie.
11 kwietnia 1929 do gminy Janiszki przyłączono części obszaru gmin Żukojnie, Kiemieliszki i (zniesionej) Michałowo
22 kwietnia 1929 gminę zniesiono, przekształcając ją w gminę Podbrodzie.