Wkrótce na ziemiach tych pojawili się również księża katoliccy z Kanady (F. N. Blanche i Modeste Demers). Ich rytuały wydały się Indianom bardziej atrakcyjne. Poza tym księża odwrotnie niż ich protestanccy odpowiednicy nie ingerowali w miejscowe zwyczaje i nie zmuszali Indian do ich porzucania. Między Cayusami a Whitmanami zaczęło dochodzić do coraz większych nieporozumień. W 1840 Cayuse zniszczyli system irygacyjny misji i rozjechali końmi zboże na polach. W 1841 jeden z białych uderzył chłopca, którego wuj był wodzem na terenach, na których stała misja. W odwecie wódz Tiloukaikt uderzył Whitmana, łamiąc mu nos. Whitman jednak nie opuścił misji. Misja z czasem stała się jednym z punktów zaopatrzeniowych dla emigrantów podążających do Oregonu (zatrzymała się tam pierwsza karawana emigrantów zmierzająca do Doliny Williamette). Zaczęli też się w jej pobliżu osiedlać biali osadnicy, z zadowoleniem powitani przez Whitmanów, lecz coraz bardziej irytujący Cayusów. Whitmanowie sądzili, że większa liczba białych zniechęci Indian od napadów na nich. Poza tym biali mieli stać się nauczycielami dla Indian i pokazać im nowoczesne formy gospodarowania i uprawy roślin. Whitmanowie wykazali się tym samym kompletnym niezrozumieniem Indian, którzy np. uważali, iż orka bezcześci ducha Ziemi.