Ponadto Cayuse sądzili, iż emigranci powinni im płacić za przejazd przez ich ziemie i wykorzystywanie jej zasobów naturalnych. Jednak oni nie chcieli uiszczać opłat i przeganiali Indian żądających zapłaty uznając ich za „żebraków”.
4 marca 1844 w miasteczku Willamette Falls (dziś Oregon City) doszło do starcia osadników z 5 Indianami w którym zginął 1 Indianin i 2 białych (sekretarz tymczasowego rządu Terytorium George W. LeBreton oraz Sterling Rodgers). Po tym wydarzeniu utworzono na Terytorium Oregonu 25-osobowy oddział strzelców konnych pod dowództwem kapitana T. D. Keysura. Był to pierwszy oddział militarny w Terytorium Oregonu.
W roku 1846, po podpisaniu traktatu z Wielką Brytanią Oregon oficjalnie stał się częścią USA.
Wojna Masakra Whitmanów. W 1847 wśród Cayusów wybuchła epidemia odry przywleczona na ich ziemie przez białych. Mimo usiłowań Whitmana Cayusowie umierali, podczas gdy większość białych dochodziła do zdrowia. Spowodowało to wśród Indian pojawienie się podejrzeń, iż to Whitmanowie swoimi czarami wywołali epidemię. Podejrzenia te podsycał wśród Indian jeden z nowych osadników – Joe Lewis. 29 listopada 1847 grupa wojowników Cayuse wodza Tiloukaikta zaatakowała misję Whitmanów w Waiilatpu w dolinie Walla Walla.