Niedługo potem nad rzeką Deschutes Lee i jego żołnierze, którzy zostali wysłanie na poszukiwanie skradzionego bydła wykryli małą grupę Indian Sahaptin (którzy nic nie mieli wspólnego z walkami czy napaścią na misję) i zaatakowali ich. 1 Indianin zginął, 2 kobiety zostały wzięte do niewoli zdobyto też kilka koni. W drodze powrotnej oddział wpadł w wąskim kanionie w zasadzkę, żaden z żołnierzy nie został jednak ranny. Następnego dnia Lee rzucił się w pościg, rozbił Indian i spalił ich obóz. Miało zginąć od 20 do 30 Indian. Żołnierze zdobyli trochę koni i bydła. Jednak część wojowników zdołała uciec i w kolejnych dniach atakowała ludzi Lee z zasadzek. W starciach tych zginęło 3 a rannych zostało 2 białych – to pierwsze ofiary śmiertelne wśród oregońskiej milicji. Tymczasem gubernator Terytorium George Abernethy utworzył 3-osobową „komisję pokojową” która miała udać się do oregońskich Indian. W jej skład weszli Joel Palmer – jako Inspektor do spraw Indian, traper Robert Newell i major Lee. Komisja miała udać się do Walla Walla i spotkać się z plemionami, zwłaszcza z silnymi Nez Percé. Komisarze mieli przekonać plemiona, by nie przyłączały się do Cayusów i obiecać, że wojsko zostanie wycofane natychmiast po tym, jak mordercy Whitmanów zostaną oddani w ręce władz. Rozmowy na razie nie przyniosły efektu.