W międzyczasie wujek Wernera ze strony matki wstąpił do NSDAP, jednocześnie rezygnując z kontaktów z rodziną Goldbergów. W 1938 roku Werner odbył sześciomiesięczną obowiązkową służbę w Służbie Pracy Rzeszy, później w szeregach Wehrmachtu wziął udział w napaści na Polskę i na Francję.
Krótko po rozpoczęciu II wojny światowej zdjęcie Wernera ukazało się w niedzielnej edycji dziennika „Berliner Tageblatt” z podpisem: „Idealny żołnierz niemiecki”. Zdjęcie to zostało sprzedane gazecie przez fotografa Wehrmachtu. Potem ukazywało się na plakatach rekrutacyjnych niemieckiej armii.
W roku 1940, wkrótce po podpisaniu zawieszenia broni pomiędzy Niemcami i Francją, Werner został wydalony z Wehrmachtu. Stało się to na skutek zarządzenia samego Hitlera z 8 kwietnia 1940 roku, nakazującego wydalenie z armii półkrwi Żydów (Mischlingów) oraz żołnierzy ożenionych z Żydówkami i półkrwi Żydówkami.