Po blisko 20 latach gry w trzeciej lidze angielskiej (Football League Third Division South) Newport County jako mistrz III ligi awansował w 1939 roku do drugiej ligi angielskiej (Football League Second Division).
Z powodu wybuchu II wojny światowej Newport County zdążył rozegrać w II lidze tylko trzy mecze, remisując 1:1 z Tottenham Hotspur i pokonując 3:1 Southampton. W przerwanym sezonie Newport County w 22 zespołowej lidze zajął 9. miejsce.
Po zakończeniu wojny rozgrywki ligowe zostały wznowione. Tym razem drużynie Newport County wiodło się znacznie gorzej. Klub doznał wielu porażek, wśród których była rekordowa klęska 0:13 z Newcastle United. Pomimo pokonania Coventry City, Sheffield Wednesday i Fulham, klub na koniec potrzebował czterech zwycięstw w czterech ostatnich grach. Pomimo rewanżowego zwycięstwa nad Newcastle United porażki z Birmingham City, Luton Town i Manchester City sprawiły, że Newport County zajął ostatnie miejsce i spadł z II ligi.
Pomimo okresu słabości Newport County w 1949 roku dotarł do piątej rundy Pucharu Anglii – najdalej w historii klubu.