W końcu 1915 ks. Bojanek poświęcił się działaniom związanym ze stacjonującymi w okolicach Grodziska oddziałami legionowymi – wyjaśniał znaczenie czynu legionowego, łamał nieufność, werbował ochotników, brał udział w decyzjach dowództwa. Wraz z legionistami stawiał w Grodzisku krzyż – pomnik powstańcom 1863, za co otrzymał list dziękczynny powiatowego urzędu zaciągu do Wojska Polskiego, w którym czytamy:
Ks. Bojanek był represjonowany przez żandarmerię carską za swoją działalność niepodległościową.
W latach 1895–1904 przebywał na probostwach w Pustelniku, Babsku, Kuflewie i Cegłowie, gdzie był administratorem. Od 28 lutego 1902 ponownie w Kuflewie, gdzie dalej pracował, a szczególnie zajmował się tymi, których Rosjanie celowo deprawowali i wykorzystywali do współpracy z ochraną. Przeciwstawiał się z rusyfikacji oraz agitacji międzynarodówki.
15 września 1904 został przeniesiony do Warszawy, gdzie objął obowiązki rektora Seminarium Duchownego. Następnie skierowany na probostwo w Rawie Mazowieckiej, skąd po roku trafił na plebanię w Grodzisku, gdzie został dziekanem i kanonikiem kapituły łowickiej. Był także kanonikiem honorowym warszawskim i sędzią konsystorskim.