Pierwsze objawy pojawiają się zwykle w 2–3 dni po przyjeździe do celu podróży. Biegunka utrzymuje się przez 3–4 dni, sporadycznie (1% przypadków) może trwać ponad tydzień. Za przewlekłe postacie biegunki często odpowiadają pasożyty wewnątrzjelitowe.
Powikłania W trakcie przebiegu choroby mogą wystąpić zaburzenia gospodarki wodno-elektrolitowej (głównie odwodnienie, które najczęściej bywa przyczyną hospitalizacji). Mogą pojawić się również zaburzenia wchłaniania, rzutujące na skuteczność lekarstw: przeciwzakrzepowych, przeciwpadaczkowych oraz doustnych środków antykoncepcyjnych. Zespół jelita drażliwego stwierdza się po czasie u ok. 10% osób, które przebyły w przeszłości biegunkę podróżnych (odsetek ten prawdopodobnie nie odbiega jednak znacznie od stwierdzanego w ogólnej populacji). Do rzadziej występujących komplikacji, często związanych z konkretnym patogenem, należą: bakteriemia, mogąca przejść w pełnoobjawową sepsę zespół hemolityczno-mocznicowy zespół Guillaina-Barrégo reaktywne zapalenie stawów