Gdyby Macierz przestała istnieć jej majątek miała otrzymać Akademia Umiejętności w Krakowie, a gdyby ta nie istniała Uniwersytet Jagielloński pod warunkiem, że dochody przeznaczą na cele zgodne z założeniem fundacji. Zasad Listu.. nie wolno było zamieniać przez 10 lat, a po tym okresie uchwałą dwóch trzecich głosów walnego zgromadzenia obu Rad i Kuratora.
W 1894 ukonstytuował się nowy zarząd, który do oferty wydawniczej dodał dzieła na wyższym poziomie. W 1902 pod przewodnictwem Ludwika Finkla organizacja połączyła się z fundacją im. Tadeusza Kościuszki założoną w 1894, w setną rocznicę insurekcji kościuszkowskiej, dla uczczenia pamięci Naczelnika. Jej założyciele pod przewodnictwem ks. Jerzego Czartoryskiego mieli podobne aspiracje do Macierzy i za cel stawiali sobie m.in. „szerzenie oświaty wśród młodzieży, która opuszcza szkoły ludowe". Połączenie przyczyniło się do umocnienia i dalszego rozwoju organizacji. Fundacja przyniosła Macierzy również nowy kapitał w sumie 67.200 koron.