Cyryl odnosił się do nadchodzącego referendum w sprawie ustroju państwowego, apelując o głosowanie za proklamacją republiki, przeciwko monarchii. Jego mowę wydrukowała następnie komunistyczna prasa; radykalny wydźwięk wystąpienia sprawił, iż istniały podejrzenia co do autentyczności tekstu. Niewątpliwie jednak metropolita zajął lojalne stanowisko wobec nowych władz kraju. Nie przyłączył się przy tym do wspieranego przez komunistów ruchu na rzecz radykalnej demokratyzacji Cerkwi, zajmując stanowisko umiarkowane między wymienionym ruchem a grupą duchowieństwa konserwatywnego, której przewodził metropolita Wraczy Paisjusz. Jedynie w 1947 i 1948 zgodził się udać do Związku Radzieckiego i opublikować następnie prace chwalące panujący w nim ustrój.
W 1951 wybrany przewodniczącym Świętego Synodu Cerkwi Bułgarskiej (co ówcześnie równało się objęciu zwierzchnictwa w Kościele, zarządzanym kolegialnie), łącząc to stanowisko z obowiązkami metropolity Płowdiwu.