W ramach Konferencji Episkopatu Polski w 2007 został wybrany na członka Rady Stałej. W związku z zatwierdzeniem przez Stolicę Apostolską nowego statutu KEP w 2009 został członkiem Rady Stałej z urzędu jako kardynał sprawujący jednocześnie urząd biskupa diecezjalnego. Objął również funkcję przewodniczącego Komisji Duchowieństwa i Zespołu ds. Wizyty Ojca Świętego w Polsce w 2016 roku. Dokonał konsekracji biskupów pomocniczych krakowskich: Grzegorza Rysia (2011) i Damiana Muskusa (2011) oraz biskupów bielsko-żywieckich: diecezjalnego – Romana Pindla (2014) i pomocniczego – Piotra Gregera (2011). Ponadto był współkonsekratorem podczas święceń dwunastu biskupów.
W 2009 wszedł w skład Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa.
Jan Paweł II uczynił go wykonawcą swojego testamentu. Pomimo zobowiązania w tym dokumencie nie zniszczył osobistych notatek papieża, zaś niektóre z nich udostępnił do publikacji w książce Jestem bardzo w rękach Bożych z 2014, co wzbudziło kontrowersje. Uzasadniając swoje działanie, oświadczył, że Jan Paweł II pozwolił mu samodzielnie zadecydować w sprawie osobistych zapisków. Te z nich, które należało zniszczyć, zostały zniszczone, zaś opublikowano te notatki, które pozwalają zrozumieć duchowość papieża.