Autor książki Świadectwo (2007), opisującej wspomnienia dotyczące życia i pracy Jana Pawła II, na podstawie której w 2008 został wyprodukowany film pod tym samym tytułem.
W 2007 w artykułach „Głosu Wielkopolskiego” i „La Stampy” zarzucono mu niepowiadamianie Jana Pawła II o przypadkach molestowania seksualnego w Kościele katolickim. W 2020 w reportażu telewizyjnym Marcina Gutowskiego Don Stanislao. Druga twarz kardynała Dziwisza, wyemitowanym w stacji TVN24, sformułowane zostały wątpliwości co do jego roli w tuszowaniu nadużyć seksualnych popełnionych m.in. przez księdza z diecezji bielsko-żywieckiej, założyciela Legionu Chrystusa Marciala Maciela i byłego kardynała Theodore’a McCarricka, a także czerpania z tego tytułu osobistych korzyści. W reportażu zamieszczono wypowiedzi z zarzutami sformułowanymi przez księdza Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego oraz fragmenty wywiadu udzielonego Piotrowi Kraśce, w którym hierarcha zaprzeczał swojej wiedzy na temat przypadków wykorzystania seksualnego w Kościele. Stolica Apostolska wszczęła postępowanie weryfikujące zarzuty sygnalizowanych jego zaniedbań z czasów sprawowania urzędu arcybiskupa metropolity krakowskiego, a zadanie przygotowania dokumentacji zostało zlecone kardynałowi Angelowi Bagnascowi, emerytowanemu arcybiskupowi Genui.