W latach 1948–1949 prowadził zlecone zajęcia z kartografii geologicznej w Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie. We wrześniu 1949 został profesorem nadzwyczajnym na Wydziale Geologiczno-Mierniczym AG-H i objął Katedrę Geologii Ogólnej II, przemianowanej w 1951 na Zakład Kartowania Geologicznego. Wiosną 1951 został prodziekanem Wydziału Geologiczno-Mierniczego, a nieco później organizatorem Wydziału Geologiczno-Poszukiwawczego i jego pierwszym dziekanem. Był nim do końca 1952. W czerwcu 1957 został profesorem zwyczajnym, a w 1960 (do śmierci) kierownikiem Katedry Geologii. Wychowankiem i następcą na stanowisku kierownika katedry był Kazimierz Bogacz. mały|Grób prof. Henryka Świdzińskiego na cmentarzu Salwatorskim mały|Ulica H. Świdzińskiego na krakowskim Bieżanowie Jego prace były także związane z występowaniem, genezą i wykorzystaniem wód mineralnych w rejonie Karpat. Był specjalistą w dziedzinie geologii uzdrowiskowej (stworzył szkołę badania wód mineralnych), doradcą naukowym Uzdrowiska Krynica-Żegiestów. Pod jego kierunkiem wykonano w 1953 pierwszą dokumentację wód mineralnych Krynicy. Do jego osiągnięć należało wykonanie projektów i wierceń: w 1951 Zuber III, a w 1966 Zuber IV, dzięki czemu Krynica zyskała kolejne wody lecznicze.