Zmobilizowany w kwietniu 1939 odbył kampanią wrześniową, z której wrócił do Warszawy w październiku tego roku. Wraz z innymi pracownikami zabezpieczał materiały i zbiory Państwowego Instytutu Geologicznego. Podczas okupacji pracował nadal w Instytucie w Warszawie zajmując się geologią karpacką (rejony Stróż, Gorlic i Krosna). Podczas powstania 1944 został we wrześniu wywieziony z kilkunastoosobową grupą pracowników PIG do obozu pracy w Halle (Saksonia). Stamtąd udało mu się przedostać do Wrocławia, a następnie dzięki pomocy E. W. Petraschka, profesora tamtejszego uniwersytetu, powrócił do Krakowa, gdzie doczekał się wyzwolenia.
Na początku 1945, pod kierunkiem dyrektora Państwowego Instytutu Geologicznego, Karola Bohdanowicza, organizował Państwowy Instytut Geologiczny z siedzibą w Krakowie, jako zastępca dyrektora PIG i naczelnik Wydziału Geologii Regionalnej. Po przeniesieniu siedziby PIG do Warszawy objął kierownictwo krakowskiej placówki Instytutu. Po jej zreorganizowaniu w latach 1946–1947 został kierownikiem Regionu Karpackiego.
Na wiosnę 1945 rozpoczął wykłady i ćwiczenia z geologii ogólnej i geologii ziem polskich na Uniwersytecie Jagiellońskim. W latach 1948–1951 wykładał geologię złóż węgli i nafty.