Zdecydowana większość późniejszych badań również potwierdzała przynależność Simosuchus do Notosuchia. Analizy wykonane przez Turnera (2004, 2006) oraz Turnera i Calvo (2005), podobnie jak przeprowadzona przez Buckleya i in., także sugerowały, że Simosuchus tworzy wraz z Uruguaysuchus klad siostrzany dla rodzaju Malawisuchus. Za synapomorfie kladu Simosuchus + Uruguaysuchus uznano nozdrza wewnętrzne oddzielone przegrodą oraz silnie szpatułkowate tylne zęby. Inne badania wskazywały jednak na odmienną pozycję Simosuchus wewnątrz Notosuchia. W analizie Andradego i Bertiniego (2008) rodzaj ten należał co prawda do Uruguaysuchidae, jednak nie był taksonem siostrzanym dla Uruguaysuchus, a zajmował pozycję pośrednią pomiędzy Malawisuchus a kladem obejmującym Uruguaysuchus i Candidodon. Według analiz Jouve'a (2009) oraz Jouve'a i współpracowników (2006) Simosuchus był najbliżej spokrewniony z Libycosuchus, choć w obu badaniach taksony tradycyjnie zaliczane do Notosuchia tworzyły grupę parafiletyczną, a Simosuchus i Libycosuchus były bliżej spokrewnione ze współczesnymi krokodylami niż z Notosuchus terrestris (czyli należałyby do Neosuchia w definicji Sereno et al., 2001).