Ponadto w związku z likwidacją Departamentu V Kds.BP (walka z wrogą działalnością w transporcie) oraz wzrostem wymiany towarowej z zagranicą, kontrwywiad otrzymał też rozkaz „ochrony polskiego transportu międzynarodowego (...) oraz handlu zagranicznego przed wrogą działalnością i szkodnictwem gospodarczym”.

Organizacja W marcu 1957 roku dyrektorowi Departamentu II MSW płk Ryszardowi Matejewskiemu podlegały następujące jednostki organizacyjne: Wydział I – zwalczanie wywiadu Stanów Zjednoczonych w Polsce i rozpracowanie jego ośrodków zagranicznych Wydział II – zwalczanie wywiadu Wielkiej Brytanii w kraju i za granicą Wydział III – zwalczanie wywiadu Republiki Federalnej Niemiec Wydział IV – odpowiadał za zwalczanie wywiadu Francji, Włoch, Belgii, Holandii, Szwecji, Danii, Norwegii i Szwajcarii Wydział V – zwalczanie organizacji nacjonalistów ukraińskich, rosyjskich, białoruskich oraz litewskich Wydział VI – praca kontrwywiadowcza wśród obywateli polskich wyjeżdżających na Zachód w celach prywatnych oraz obywateli państw zachodnich przyjeżdżających w analogicznych celach do Polski lub stale tu zamieszkujących, a także osób zbiegłych za granicę i odmawiających powrotu do kraju, współpraca z WOP w zakresie nielegalnych przekroczeń granicy, koordynacja wymiany informacji Departamentu II z organami bezpieczeństwa