Kariera reprezentacyjna Stuart Holden 11 razy wystąpił w reprezentacji USA U-20. Na początku 2007 roku został powołany na obóz amerykańskiej kadry U-23 na obozy w Kalifornii i w Chinach, gdzie młodzieżówka „The Yanks” zagrała ze swoim chińskim odpowiednikiem. Dostał również powołanie do reprezentacji na Letnie Igrzyska Olimpijskie 2008. 7 sierpnia zdobył na Igrzyskach gola w meczu z Japonią. W grudniu 2008 pojechał na zgrupowanie kadry narodowej przed towarzyskim meczem ze Szwecją. Niedługo przed spotkaniem tym doznał jednak urazu biodra i nie mógł wystąpić w sparingu.
Stuart znalazł się w rezerwowym składzie „The Yanks” na Złoty Puchar CONCACAF 2009, kiedy to regularni gracze reprezentacji odpoczywali przed Pucharem Konfederacji. W tej imprezie zdobył 2 bramki, 3 asysty i został członkiem drużyny turnieju.
Gole w reprezentacji + # Data Miejsce Przeciwnik Gol Wynik Zawody 1. 4 lipca 2009 Seattle, USA 2 – 0 4–0 Złoty Puchar CONCACAF 2009 2. 11 lipca 2009 Foxborough, USA 2 – 2 2–2 Złoty Puchar CONCACAF 2009
Styl gry Holden jest obunożnym, kreatywnym i wszechstronnym piłkarzem, który może grać na każdej pozycji w pomocy.