Od 1999 roku główną siedzibą Instytutu jest gmach przy al. Mickiewicza 31 w Krakowie. Tu mieści się dyrekcja i administracja oraz siedem pracowni (2024): Pracownia Dialektologii Polskiej (w Krakowie, kierownik dr hab. Barbara Grabka), Pracownia Etymologii i Geolingwistyki (kierownik prof. dr hab. Jadwiga Waniakowa), Pracownia Języka Staropolskiego (kierownik dr hab. Mariusz Leńczuk), Pracownia Łaciny Średniowiecznej (kierownik dr hab. Michał Rzepiela), Pracownia Metodologiczna (kierownik prof. dr hab. Maciej Eder), Pracownia Onomastyki (kierownik dr hab. Urszula Bijak), Pracownia Wielkiego Słownika Języka Polskiego (kierownik prof. dr hab. Piotr Żmigrodzki).
W Warszawie (ul. Ratuszowa 11) działają trzy pracownie (2024): Pracownia Dialektologii Polskiej (w Warszawie, kierownik j.w.), Pracownia Historii Języka Polskiego XVII–XVIII wieku (kierownik dr hab. Magdalena Majdak), Pracownia Polszczyzny Kresowej (kierownik dr hab. Ewa Dzięgiel). W latach 1973–2015 Instytut miał strukturę dwustopniową – był podzielony na zakłady, w skład których wchodziły pracownie.
W krakowskiej siedzibie Instytutu mieści się biuro Polskiego Towarzystwa Językoznawczego.