Zamieszki Tekst przetrwał w całości przez ponad 1000 lat, mimo że przebył długą drogę z Tyberiady do Aleppo. Owszem, czas zaznaczył swój upływ, część stron była popękana, na niektórych wyblakł lub odpadł atrament. W wieku XIX róg kodeksu został uszkodzony wskutek działania grzybów, co spowodowało, że część liter w komentarzu masoreckim stała się rozmyta. Mimo to cały tekst pozostawał czytelny. W czasach współczesnych, gdy nastroje arabsko-żydowskie stawały się coraz bardziej napięte, liczni naukowcy zdawali sobie sprawę, że Kodeks nie znajduje się w bezpiecznym miejscu. Stąd liczne prośby o jego dokładniejsze zabezpieczenie lub przeniesienie w inne miejsce. Wspólnota z Aleppo odrzuciła wszystkie te prośby, podobnie jak starania o wykonanie fotograficznej kopii Kodeksu.
1 grudnia 1947, dwa dni po decyzji ONZ o podziale Palestyny i utworzeniu państwa żydowskiego, w Aleppo wybuchły zamieszki, w wyniku których została spalona starożytna synagoga, gdzie kodeks był przechowywany. Został on odnaleziony wśród popiołu w ruinach synagogi, zaś skrzynia, gdzie był przechowywany była rozbita. W trakcie zamieszek kodeks został uszkodzony i na pewien czas zaginął. Przez 10 lat jego los pozostawał nieznany, wielu było przekonanych, że spłonął razem z 40 zwojami Tory, które były przechowywane w synagodze.