Celem opracowywania tej monografii z założenia była popularyzacja botaniki oraz poszerzenie wiedzy o znaczeniu i sposobach korzystania z leczniczych właściwości roślin. Niezwykły był dobór roślin do atlasu – twórcy mieli zilustrować wszystkie rośliny dziko rosnące, uważane wcześniej w znacznej części za niegodne zainteresowania – ich praca miała dotyczyć: „...wszystkich roślin, które z natury i bez pomocy człowieka rosną dziko w obu królestwach Jego Królewskiej Mości...”tłumaczenie z prospektu emisyjnego „Flora Danica”.
Założenia Flora Danica były jak na ówczesne czasy bardzo ambitne – atlas miał się przedstawiać rośliny w formie szczegółowych rycin i opisów. Rośliny na rycinach miały być w miarę możliwości naturalnych wielkości. Tylko okazałe rośliny miały być pomniejszone, jednak i w takim przypadku zachowywano proporcję 1:1 w przypadku szczegółów. Planowano dużą staranność w odwzorowaniu szczegółów charakterystycznych dla poszczególnych gatunków, przedstawiając niektóre detale na podstawie powiększeń obserwowanych za pomocą lupy. Przyjęto też założenie, by na pojedynczych kartach przedstawiać pojedyncze gatunki. Ułatwić to miało sortowanie ilustracji w układzie systematycznym po zgromadzeniu dostatecznej ilości danych. Na każdej płytce miała się znaleźć również nazwa rośliny i miejsce jej znalezienia.