Historia Niemen stanowił główną rzekę Wielkiego Księstwa Litewskiego, jednak jego dolny bieg i ujście znajdowało się w granicach państwa krzyżackiego oraz kolejnych państw w Prusach.
Po III rozbiorze Polski stanowił rzekę graniczną między zaborem pruskim a rosyjskim. Od 1807 roku, gdy na terenie części zaboru pruskiego utworzono Księstwo Warszawskie, a później Królestwo Polskie (kongresowe), na Niemnie biegła granica z ziemiami włączonymi do Rosji, tzw. ziemiami zabranymi.
W dniach 23–28 września 1920 roku w rejonie Niemna miała miejsce jedna z największych bitew wojny polsko-bolszewickiej (1919–1921) między jednostkami Wojska Polskiego pod dowództwem Józefa Piłsudskiego a wojskami sowieckimi pod dowództwem Michaiła Tuchaczewskiego, zakończona zwycięstwem Polaków i wycofaniem się Rosjan.
Niemen w sztuce Niemen często stanowił motyw w malarstwie, literaturze i poezji. Zobacz np.: Konrad Wallenrod – poemat historyczny Adama Mickiewicza z czasów walk litewsko-krzyżackich Pan Tadeusz – poemat Adama Mickiewicza, którego akcja umieszczona jest w roku 1812, gdy wojska Napoleona przekraczają Niemen, by wyzwolić mieszkających tam Polaków Rozłączenie (Za Niemen hen precz...