Katedra została ukończona w 1300. Była to budowla w typowym stylu romańskim, z zaokrąglonymi łukami sklepiennymi podtrzymującymi płaski, drewniany strop. Katedra św. Klemensa została zbudowana z dużych, czerwonych cegieł, nowego materiału budowlanego, który stał się popularny w całej Skandynawii i północnych Niemczech, tak w budownictwie sakralnym jak i świeckim. Do północnego ramienia transeptu dobudowano cztery kaplice. Fotel biskupi przeniesiono do katedry z kościoła Najświętszej Marii Panny.
thumb|left|Gotyckie sklepienia katedry z malowidłami odrestaurowanymi w 1999. Jednak już w 1330 katedra i większość miasta spłonęły w pożarze. Sama katedra pozostała opuszczona aż do 1449. W poł. XV w. do Danii zawitał styl gotycki. Katedrę zaczęto przebudowywać w tym stylu, powiększając ją przy tym, aż ok. 1500 osiągnęła obecne rozmiary. Nawa została wydłużona do 93 m, stając się w ten sposób najdłuższą nawą kościelną w Danii. Poszerzono też transept, a nowa technika budowania umożliwiła dalszy rozwój i podniesienie sklepień, co z kolei umożliwiło przeprucie ścian dużymi, wysokimi oknami, wpuszczającymi więcej światła do środka budowli.