Na Warmii nie mógł wiele zdziałać wskutek zamętu spowodowanego przez wojnę północną. Przemarsze wojsk oraz epidemia dżumy zdewastowały i wyludniły księstwo warmińskie. W stołecznym Lidzbarku Warmińskim, gdzie rezydował biskup, podczas dżumy zmarła jedna trzecia mieszkańców. Dla uproszenia miłosierdzia Bożego i oddalenia zarazy biskup polecił wybudować kaplicę Świętego Krzyża, którą konsekrował w dniu 30 września 1709 r. Przejęty znikomością tego świata zamierzał w ciszy klasztornej dokończyć życia. Zmarł 1 maja 1711 w Dobrym Mieście. Pochowany w kolegiacie Najświętszego Zbawiciela i Wszystkich Świętych w Dobrym MieścieKrzysztof Rafał Prokop, Nekropolie biskupie w nowożytnej Rzeczypospolitej (XVI–XVIII w.), Kraków-Warszawa 2020, s. 130.. W kolegiacie dobromiejskiej znajduje się, wykonane z czarnego i białego marmuru, epitafium biskupa Andrzeja Chryzostoma Załuskiego. Epitafium swojemu stryjowi ufundował Andrzej Stanisław Załuski, biskup krakowski.
Jako senator brał udział w sejmach: 1685, 1688, 1688/1689, 1690, 1692/1693Sejm był zwołany na 1692 rok, ale obradował w 1693 roku., 1696, 1697 (I), 1698, 1699Leszek Andrzej Wierzbicki, Senatorowie koronni na sejmach Rzeczypospolitej, Warszawa 2017, s. 175.. Był uczestnikiem Walnej Rady Warszawskiej 1710 rokuVolumina Legum, t. VI, Petersburg 1860, s.