We wrześniu 1944 roku wójt Jan Lewicki w raporcie o stanie gminy żydowskiej zanotował: „Bóżnica uległa zniszczeniu, cmentarz i mykwa niezniszczona".

Prawdopodobnie ostatnie pochówki na cmentarzu żydowskim miały miejsce w marcu 1945 roku, po zamordowaniu w Mokobodach 7 lub 8 Żydów przez nieustalonych sprawców.

II wojna światowa i okres powojenny Po kampanii wrześniowej w 1939 roku Mokobody znalazły się pod okupacją niemiecką i pozostawały pod nią do 1944 roku. Mury kościoła parafialnego zostały częściowo uszkodzone od kul karabinowych zarówno w czasie I, jak i II wojny światowej. W czasie okupacji na terenie powiatu siedleckiego miały miejsce zrzuty Cichociemnych, o czym przypomina tablica pamiątkowa odsłonięta w 2022 roku z inicjatywy żołnierzy jednostki GROM.

W 1960 roku wieś nawiedził pożar, który strawił 80 zabudowań.

19 grudnia 1963 roku Ministerstwo Gospodarki Komunalnej wydało decyzję o zamknięciu cmentarza żydowskiego. W uzasadnieniu wniosku władze gromadzkie opisywały cmentarz jako „zaniedbany, nieogrodzony", a „miejscowa ludność robi sobie piaskobranie". Na początku 1989 roku pracownicy Urzędu Wojewódzkiego w Siedlcach podczas wizytacji cmentarza odnaleźli kości ludzkie w wykopach po wydobywaniu piasku;