Został uznany za winnego zarzucanego mu przestępstwa, a treść wyroku brzmiała następująco:
Biskup Wincenty Eugeniusz (Ewgenij) został rozstrzelany na terenie więzienia w nocy 11 listopada 1952 roku o godzinie 23:30. Jego ciało zostało wrzucone do masowego grobu i nigdy nie zostało odnalezione. Papież Pius XII wspomniał biskupa i jego męczeńską śmierć w swojej encyklice zatytułowanej Orientales Ecclesias, dotyczącej sytuacji Kościołów Wschodnich, wydanej w tym samym roku. Data i miejsce śmierci Bosiłkowa nie były znane aż do 1975 roku, kiedy szef bułgarskiego MSZ złożył wizytę w Watykanie i został bezpośrednio poproszony przez papieża Pawła VI o informacje dotyczące okoliczności śmierci biskupa nikopolskiego.
Beatyfikacja Od początku lat 80. XX wieku trwały prace dotyczące wyniesienia Eugeniusza Bosiłkowa na ołtarze. Na posiedzeniach Kongregacji ds. Kanonizacyjnych w Rzymie zbierano dokumenty na temat życia i męczeńskiej śmierci biskupa. Na posiedzeniach z 1993 i 1994 oświadczono, że nie ma żadnych przeciwwskazań z punktu widzenia teologicznego i prawnego, aby uznać Bosiłkowa za męczennika i błogosławionego. 15 marca 1998 roku papież Jan Paweł II dokonał w Rzymie beatyfikacji biskupa.