W 1993 roku zakończono adaptację młyna na dom handlowy, który działał do września 2016 w Wielkim Młynie znajdowało się centrum handloweTo już koniec handlu w Wielkim Młynie. "Kupcy potrafią przecież liczyć...". Centrum z biegiem lat traciło popularność, czynnych było coraz mniej stoisk, a obiekt wymagał kapitalnego remontu. W grudniu 2016 młyn przekazano na potrzeby pobliskiego Muzeum Bursztynu w Gdańsku, z trudem mieszczącego się w swojej siedzibie w Zespole Przedbramia.
21 listopada 2018 Muzeum Gdańska podpisało umowę na wykonanie kosztem 4,3 mln zł pierwszego etapu prac adaptacyjnych Wielkiego Młyna na Muzeum Bursztynu. Do końca 2020 przeprowadzono wymianę położonego w latach 60. dachu, wyburzenie ścian działowych, usunięcie przepierzeń po dawnych boksach handlowych, wyburzenie bocznej klatki schodowej i szybu windowego, usunięcie starych instalacji i wymianę współczesnej stolarki w oknach i drzwiach (nie ma ona zabytkowego charakteru). W 2019 ogłoszony został przetarg na wykonanie instalacji energetycznej i teletechnicznej.