Zasadnicza część prac została sfinansowana ze środków UE w ramach wspólnego projektu Muzeum Gdańska oraz Muzeum Światowego Oceanu w Królewcu o nazwie „Połączeni bursztynem” i wartości prawie 2,3 miliona euro, z czego do Gdańska trafiło ponad 1,3 miliona euroPonad milion z UE na adaptację Wielkiego Młyna. Tak będzie wyglądał w środku. 25 czerwca 2020 podpisano umowę na przebudowę, adaptację i kompleksowe prace termomodernizacyjne w budynku o wartości 22,8 mln zł. Kubatura obiektu wynosi 14,8 tys. m³Remont Wielkiego Młyna. W środku nowa siedziba Muzeum Bursztynu. Całkowity koszt inwestycji wyniósł 33,5 mln zł, a otwarcie Muzeum nastąpiło 24 lipca 2021Życie zatopione w bursztynie. 24 lipca otwarcie Muzeum Bursztynu w Wielkim Młynie w Gdańsku.
W trakcie prac adaptacyjnych, w 2020, odkryto dwa fragmenty kamiennego żarna, które służyło do przemiału zboża w mąkę, a w czasie przebudowy na centrum handlowe zostały celowo uszkodzone w celu montażu instalacji elektrycznejOdkrycie archeologiczne w Wielkim Młynie. Kamienne żarna pod skrzynką elektryczną. Odnaleziono także historyczne podpisy, będące odpowiednikami współczesnych grafittiNowożytne "graffiti" na ścianie Wielkiego Młyna w Gdańsku.