W pierwszych latach sprawowania urzędu Nikon posiadał pełne zaufanie cara, co umożliwiło mu przeprowadzenie reformy liturgicznej w Kościele. Jej celem było usunięcie z ksiąg cerkiewnych błędów i naleciałości powstałych w toku wielowiekowego przepisywania ksiąg. Wprowadzone przez patriarchę zmiany obrządku, przywracające w Cerkwi Rosyjskiej pierwotne obyczaje liturgiczne, oparte były na księgach greckich. Spotkały się one z protestem części duchowieństwa i wiernych Kościoła, co po odsunięciu Nikona od godności doprowadziło do rozłamu.
Nikon był również czynnie zaangażowany w bieżącą politykę państwa: częściowo z jego inicjatywy Rosja prowadziła wojnę z Rzecząpospolitą, następnie ze Szwecją. Celem aktywności patriarchy na tym polu była budowa prawosławnego imperium, w którym wiodącą rolę miał odgrywać Kościół oraz działający w porozumieniu z nim car.