Kościół Stygmatów św. Franciszka z Asyżu – barokowy kościół rzymskokatolicki bernardynów, znajdujący się przy ul. Klasztornej 1 w Alwerni. Świątynia znana jest jako miejsce kultu obrazu Pana Jezusa „Ecce Homo”, czczonego tu jako ikona Miłosierdzia Bożego. Przybywają tu pielgrzymki z okolicy. 15 września 2024 roku arcybiskup krakowski Marek Jędraszewski ustanowił kościół Archidiecezjalnym Sanktuarium Pana Jezusa Cierpiącego "Ecce Homo".
Główne odpusty, to: Niedziela Miłosierdzia Bożego, niedziela po Bożym Ciele (tzw. „strzelanka”) oraz uroczystość Stygmatów św. Franciszka (17 września).
Historia Fundatorem konwentu w Alwerni był Krzysztof Koryciński, kasztelan wojnicki i starosta gniewkowski, właściciel pobliskich wsi. Idea budowy tego klasztoru zrodziła się w czasie zwiedzania sanktuarium Stygmatów św. Franciszka na górze La Verna, we Włoszech. W 1616 r. Koryciński podarował bernardynom zalesioną górę Podskale i na południowo-zachodnim jej stoku wybudował tymczasowy drewniany klasztor i kościół pw. Stygmatów św. Franciszka, nazywany pospolicie Alwernią.