Budowa murowanego kościoła w stylu barokowym miała miejsce w latach 1625–1656. Kierował nią Piotr z Poznania, jeden z pomysłodawców powstania Alwerni. Jednonawowy kościół otrzymał stosunkowo skromne wyposażenie. W latach 1703–1708 dobudowano niedużą kaplicę, w której umieszczono słynący łaskami obraz „Ecce Homo”. W 1897 r. ówczesny gwardian, Stefan Podworski dobudował 55-metrową wieżę.
Alwerni nigdy nie zaliczano do wielkich konwentów. Zwykle mieszkało tu kilkunastu zakonników. Klasztor może się jednak szczycić tym, że odwiedzali go w czasie swych podróży królowie polscy: Jan III Sobieski i Stanisław August. Wykorzystywano również klasztor jako miejsce kuracyjne dla chorych zakonników. Po II wojnie światowej przez pewien czas istniał tu nowicjat dla braci zakonnych.
Po wschodniej stronie klasztoru powstało osiedle, a od 1796 r. miasto, nazywane od początku Alwernią. Nad jej mieszkańcami, jak również ludźmi z okolicznych miejscowości, bernardyni w swoim kościele sprawowali opiekę duszpasterską. W XIX w. rozwinął się ruch pielgrzymkowy, głównie z Górnego Śląska. Gdy w 1859 r. powstała w Alwerni szkoła, bernardyni zaczęli w niej uczyć religii. Od 1972 r. istnieje tu parafia.
W 2011 r.