29 maja 2019 papież Franciszek mianował go administratorem apostolskim sede plena diecezji płockiej na czas nieobecności biskupa diecezjalnego płockiego Piotra Libery od 1 lipca do 31 grudnia 2019.
20 października 2010 Benedykt XVI ogłosił jego nominację kardynalską, a na konsystorzu 20 listopada 2010 kreował kardynałem prezbiterem Kościoła Świętych Sylwestra i Marcina w Monti. 25 grudnia 2010 odbył kardynalski ingres do archikatedry warszawskiej, natomiast 29 kwietnia 2011 uroczyście objął swój kościół tytularny. Uczestniczył w konklawe w 2013, na którym papieżem został wybrany Franciszek, i w konklawe w 2025, w wyniku którego papieżem został Leon XIV.
W ramach Konferencji Episkopatu Polski w 1999 został przewodniczącym Komisji Wychowania Katolickiego. Pod jego kierunkiem zostały opracowane: Podstawa programowa katechezy Kościoła katolickiego w Polsce, Dyrektorium katechetyczne Kościoła katolickiego w Polsce i Program nauczania religii, zatwierdzone przez Konferencję Episkopatu Polski w 2001 roku. W 2004 został członkiem Rady Stałej, następnie jako kardynał kierujący diecezją stał się jej członkiem z urzędu. Ponadto w strukturach Episkopatu pełnił funkcje przewodniczącego Komisji Rewizyjnej i Rady Ekonomicznej, a także był członkiem Komisji Duszpasterstwa, Rady ds. Środków Społecznego Przekazu, Zespołu ds.