Swartz i jego obrońcy odrzucili tę propozycję, decydując się na proces. Sposób prowadzenia sprawy przez prokuraturę federalną, w tym mnożenie zarzutów, był szeroko krytykowany jako nieproporcjonalny, także w polskich mediach. Już po pierwszych zarzutach część prawników zwracała uwagę na brak oskarżenia na drodze cywilnej oraz nieproporcjonalną penalizację zarzucanych czynów w stosunku do spowodowanych szkód. Po śmierci Swartza prokuratura wycofała wszystkie zarzuty.
Śmierć 11 stycznia 2013 roku Swartz został znaleziony martwy w swoim mieszkaniu na nowojorskim Brooklynie; według lekarza sądowego popełnił samobójstwo przez powieszenie, nie pozostawił listu pożegnalnego. Według jego partnerki jednym ze źródeł załamania były koszty zbliżającego się procesu i perspektywa publicznej zbiórki na obronę. Polska prasa opisywała jego śmierć jako „tajemnicze samobójstwo rewolucjonisty internetu”.
Pogrzeb odbył się 15 stycznia 2013 roku w Highland Park;