według doniesień prasowych pomieszczenie nie było zamykane na klucz. JSTOR nie zdecydował się na pozew cywilny – w czerwcu 2011 roku zawarł ze Swartzem ugodę, w ramach której ten zwrócił pobrane dane, a repozytorium publicznie oświadczyło, że nie popiera ścigania go w postępowaniu karnym.
Postępowanie karne W nocy 6 stycznia 2011 roku Swartz został zatrzymany w pobliżu kampusu Harvarda przez policję MIT i agenta Secret Service, a następnie postawiono mu stanowe zarzuty włamania. Sam zgłosił się do dyspozycji władz, nie przyznał się do winy i został zwolniony za kaucją 100 tys. dolarów. 11 lipca 2011 roku federalna wielka ława przysięgłych oskarżyła go m.in. o oszustwo komputerowe i bezprawne pozyskanie informacji z chronionego komputera. We wrześniu 2012 roku prokuratura rozszerzyła akt oskarżenia do trzynastu zarzutów, co zwiększyło maksymalny teoretyczny wymiar kary do 50 lat pozbawienia wolności i miliona dolarów grzywny.
W trakcie negocjacji prokuratura proponowała karę sześciu miesięcy więzienia o złagodzonym rygorze w zamian za przyznanie się do wszystkich trzynastu zarzutów;