Tam w 2008 roku jako podstawowy zawodnik zajął drugie miejsce w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores – InterLidze, zaś 24 lutego 2008 w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Monterrey strzelił premierowego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej.
Wiosną 2009 Flores został wypożyczony do klubu Jaguares de Chiapas z siedzibą w Tuxtla Gutiérrez, gdzie spędził bez poważniejszych osiągnięć półtora roku, początkowo jako podstawowy defensor, lecz z biegiem czasu relegowano go do roli rezerwowego. W lipcu 2011 podpisał umowę z zespołem Cruz Azul ze stołecznego miasta Meksyk, w którego barwach szybko został kluczowym punktem linii defensywy i w wiosennym sezonie Clausura 2013 zdobył z nim tytuł wicemistrza kraju oraz puchar Meksyku – Copa MX. Bezpośrednio po tym sukcesie z powodu kontuzji stracił miejsce w składzie na rzecz Rogelio Cháveza, a w 2014 roku triumfował z Cruz Azul w najbardziej prestiżowych rozgrywkach północnoamerykańskiego kontynentu – Lidze Mistrzów CONCACAF. Po powrocie do zdrowia ponownie wywalczył sobie miejsce na prawej obronie i jeszcze w tym samym roku wziął udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, podczas których zajął ze swoją ekipą czwarte miejsce. W lipcu 2015 doznał jednak kolejnej poważnej kontuzji kolana, w wyniku której pauzował przez cztery miesiące.