Ogółem w barwach Cruz Azul spędził niecałe pięć lat.
W styczniu 2016 Flores przeszedł do zespołu Deportivo Toluca.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2003/2004 CD Zacatepec
Ascenso MX 1 0 2004/2005 Celaya FC
Ascenso MX 1 0 2005/2006 CF Monterrey 1a
Ascenso MX 27 2 2006/2007 CF Monterrey 1a
Ascenso MX 18 2 2006/2007 CF Monterrey
Liga MX 6 0 2007/2008 Club Atlas
Liga MX 21 1 2008/2009 Club Atlas
Liga MX 10 0 2008/2009 Jaguares de Chiapas
Liga MX 16 0 2009/2010 Jaguares de Chiapas
Liga MX 22 0 2010/2011 Club Atlas
Liga MX 28 1 2011/2012 Cruz Azul
Liga MX 21 2 2012/2013 Cruz Azul
Liga MX 40 4 2013/2014 Cruz Azul
Liga MX 12 0 2014/2015 Cruz Azul
Liga MX 27 3 2015/2016 Cruz Azul
Liga MX 6 0 2015/2016 Deportivo Toluca
Liga MX
Kariera reprezentacyjna W 2003 roku Flores został powołany przez argentyńskiego szkoleniowca Humberto Grondonę do reprezentacji Meksyku U-17 na Mistrzostwa Świata U-17 w Finlandii. Tam był podstawowym zawodnikiem swojej drużyny i wystąpił we wszystkich czterech spotkaniach od pierwszej minuty, zdobywając bramkę w spotkaniu fazy grupowej z Chinami (3:3).