Ponadto urządzono muzeum poświęcone kulturze regionalnej.
Historia muzeum thumb|Kolekcja Detalu Architektonicznego: figura apostoła na konsoli z kościoła zamkowego w Malborku Nowym rozdziałem w historii zamku malborskiego było powołanie w tym miejscu placówki muzealnej, mającej na celu przywrócenie dawnej świetności zamku, który pod koniec II wojny światowej uległ poważnym zniszczeniom, a następnie był celem licznych szabrowników. Początkowo zamek malborski był pod opieką Muzeum Wojska Polskiego, następnie Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego. Pod koniec lat 50. powołano Społeczny Komitet Odbudowy Zamku, który planował założenie wewnątrz odbudowanego zamku muzeum.
Muzeum Zamkowe założono 1 stycznia 1961 roku, jako placówka centralna podlegająca bezpośrednio Ministerstwu Kultury i Dziedzictwa Narodowego. W czasie założenia Muzeum zespół zamkowy w Malborku przechodził odbudowę i gruntowną konserwację, która trwa do dziś. Powołanie muzeum wiązało się z odpowiednim zagospodarowaniem powierzchni pomieszczeń zamkowych, z zachowaniem ocalałych wnętrz z okresu średniowiecza.