Za panowania Tulunidów (868-905) społeczność Karaitów cieszyła się znacznym rozwojem.
Rządy kalifów Fatymidzkich (969–1169) Rządy kalifatu fatymidzkiego były generalnie przychylne Żydom, z wyjątkiem późniejszej części okresu panowania Al-Hakima. Założenie szkół talmudycznych w Egipcie zwykle datuje się na ten okres. Jednym z Żydów, którzy osiągnęli wysoką pozycję, był Jakub Ibn Killis, który w 979-991 sprawował funkcję wezyra kalifa Al-Aziza.
Kalif Al-Hakim (996-1020) nakazał Żydom pod przymusem nosić dzwonki i nosić publicznie drewniany obraz jagnięcia. Ulica al-Jawdariyyah w Aleksandrii była zamieszkała przez Żydów. Kalif, usłyszawszy, że zwykli oni drwić sobie z niego wierszując, postanowił spalić dzielnicę.
Na początku XII w. Żyd imieniem Abu al-Munajja ibn Sha’yah zarządzał ówczesnym ministerstwem rolnictwa. Był on również konstruktorem śluzy na Nilu (1112). Za rządów wezyra Al-Malika al-Afdala nadzór nad finansami kalifatu sprawował pewien Żyd, którego imię nie jest niestety znane. Jednym z lekarzy kalifa Al-Hafiza (1130-1149) był Żyd, Alu Mansur.