Około 1160 żydowski podróżnik Beniamin z Tudeli dotarł do Egiptu. W swych zapiskach oszacował on populację żydowskich wspólnot w tym regionie. W Kairze miało żyć 2000, zaś w Aleksandrii 3000 Żydów. W Fajum – 20 rodzin; w Damietcie – 200; w Bilbais na wschód od Nilu – 300 osób i w Damirze – 700. W Mahallah (dz. Mahallat al-Kabir) Beniamin zastał 500 osób, zaś w Sefitah i al-Butij – po 200.
Od Saladyna do Majmonidesa (1169–1250) Wydaje się, że wojny Saladyna z krzyżowcami (1169–93) nie wpłynęły na położenie Żydów w jego sułtanacie. Karaita Abu al-Bayyan al-Mudawwar (?-1184), był nadwornym lekarzem zarówno u ostatniego kalifa z dynastii fatymidów, jak i Saladyna. Majmonides, znamienity żydowski filozof i lekarz, w 1166 osiedlił się w Fustat, gdzie dzięki wiedzy medycznej zaskarbił sobie szacunek. Leczył on rodzinę Saladyna, jego następców i wezyra Kadiego al-Fadila. W Fustacie Majmonides napisał kodeks talmudyczny Miszne Tora, dzieło filozoficzne Przewodnik błądzących (oba spotkały się z silną krytyką ówczesnych żydowskich uczonych) oraz słał listy i responsy. Usunął on również Karaitów z sądów.