W drugim roku startów Brytyjczyk i jego zespół liczyli na znaczny progres wyników. Sezon jednak zweryfikował ich plany. Już w drugim starcie na hiszpańskim torze Circuit de Catalunya sięgnął po zwycięstwo, jednak na kolejne podium czekał do sprintu na austriackim Red Bull Ringu. W trakcie sezonu Lynn ponownie notował serię wyścigów bez punktów. Alex rzadko uzyskiwał dobre wyniki w sobotę (wyjątek to najniższy stopień podium na torze Spa-Francorchamps, ale dzięki temu zyskiwał w niedzielę. Jeszcze dwukrotnie sięgnął po zwycięstwo - na niemieckim Hockenheimringu oraz w Abu Zabi. Dzięki temu zdołał zakończyć sezon na 6. lokacie przed swoim rodakiem Jordanem Kingiem, który nie zdobył punktów w kończącym sezon eliminacji.
Wyścigi Długodystansowe W sezonie 2016 Lynn zadebiutował w Mistrzostwach Świata Samochodów Dłudystansowych. Brytyjczyk uzupełniał skład jednego z pojazdów Manora na japońskim torze Fuji Speedway, w Szanghaju oraz Sakhir. Do mety dojechał odpowiednio na jedenastej, ósmej i dziesiątej lokacie w swojej klasie. Do klasyfikacji generalnej zdobył 4,5 punktu, dzięki czemu został sklasyfikowany na 30. miejscu.