Tego roku został członkiem zwyczajnym Towarzystwa Naukowego Warszawskiego oraz członkiem korespondentem Instytutu Bałtyckiego w Toruniu; objął też funkcję prorektora Wolnej Wszechnicy Polskiej.
Po przejściu na emeryturę Talko-Hryncewicza Kazimierz Stołyhwo 10 listopada 1933 roku otrzymał profesurę nadzwyczajną antropologii, a 14 grudnia tego roku objął kierownictwo Zakładu Antropologii na Wydziale Filozoficznym UJ. W tym czasie zapoczątkował terenowe badania antropologiczne na Górnym Śląsku i w roku 1934 został członkiem Komitetu Wydawnictw Śląskich PAU. Od 1935 roku był członkiem honorowym Polskiego Towarzystwa Eugenicznego. Z ramienia tego Towarzystwa brał udział w Europejskim Zjeździe Eugenicznym w Amsterdamie.
6 listopada 1939 w czasie "Sonderaktion Krakau" Kazimierz Stołyhwo został aresztowany wraz z innymi profesorami Uniwersytetu Jagiellońskiego i osadzony w Sachsenhausen-Oranienburg. Wrócił po przebytym tyfusie i zapaleniu płuc 23 kwietnia 1940 roku. Pobyt w obozie opisał w mało znanej publikacji: W niewoli u N.S.D.A.P. Zestawienie biograficzne w okresie 1 września 1939 – 18 stycznia 1945 [Stołyhwo K., 1946]