Po wojnie, już 20 stycznia 1945 roku, objął kierownictwo Katedry i Zakładu Antropologii UJ. W 1946 roku otrzymał nominację na profesora zwyczajnego. Prowadził aktywną działalność badawczą (dokończenie badań na Górnym Śląsku) i naukową. Został członkiem korespondentem Towarzystwa Włoskiego Antropologii i Etnografii (1947 r.), reprezentował Polskę w Brukseli na III Kongresie Nauk Antropologicznych i Etnologicznych (1948 r.). W 1948 roku objął funkcję wiceprezesa Polskiego Towarzystwa Anatomicznego, został członkiem korespondentem Towarzystwa Antropologicznego Czecho-Słowackiego, uczestniczył w XXIX Międzynarodowym Kongresie Amerykanistów w Nowym Jorku. W 1951 roku został czynnym członkiem PAU.
30 września 1960 roku przeszedł na emeryturę. Przez pewien czas mieszkał na osiedlu SalwatorTadeusz Trzaska, Z Krakowa, „Suplement : czasopismo Autorów Polskich", 1998 nr 3. Zmarł w Krakowie, pochowany został na cmentarzu Salwatorskim (sektor SC12, rząd 1, nr grobu 12).
mały|Grób prof. Kazimierza Stołyhwy na cmentarzu Salwatorskim w Krakowie Uczniami prof.