Żubryd mianował Kocyłowskiego dowódcą III kompanii w swoim batalionie.
W połowie czerwca 1946 do jego oddziału przyłączyli się rzekomi dezerterzy z Wojska Polskiego, a faktycznie agenci Informacji Wojskowej przy 32 pułku piechoty przy 8 Drezdeńskiej Dywizji Piechoty. W ramach działań władz państwowych w okresie referendum ludowego (30 czerwca 1946), podczas noclegu w Płowcach nad ranem 23 czerwca 1946 Kocyłowski został obezwładniony i aresztowany (dwóch jego towarzyszy, Ludwik Kolano i Władysław ps. Andresiak, zostali zastrzeleni w czasie snu). Następnie Kocyłowski został przekazany do UB.
Po 11-miesięcznym śledztwie prowadzonym przez sowieckich oficerów i polskich funkcjonariuszy WUBP w Rzeszowie, wyrokiem Wojskowego Sąd Rejonowego w Rzeszowie został skazany na karę śmierci. W celi śmierci przebywał sześć tygodni, po czym wyrok zamieniono mu na dożywocie. W więzieniach przebywał łącznie 10 lat i 11 dni – w tym 8 lat we Wronkach. W okresie politycznej odwilży zwolniony ze względu na zły stan zdrowia w lipcu 1956, w czerwcu 1957 Rada Państwa darowała mu resztę kary.