urząd prezydenta objął Shehu Shagari, polityk z Narodowej Partii Nigerii i Ọbasanjọ został pierwszym afrykańskim przywódcą wojskowym, który dobrowolnie oddał władzę w ręce cywilne.
Późniejsza działalność W 1991 Ọbasanjọ ubiegał się o urząd sekretarza generalnego ONZ, jednak został pokonany przez Boutrosa Boutros-Ghalego z Egiptu.
Podczas rządów dyktatury wojskowej gen. Sani Abachy (1993–1998) Ọbasanjọ otwarcie krytykował władze za łamanie praw człowieka i w 1995 został skazany na 15 lat pozbawienia wolności za udział w spisku mającym doprowadzić do obalenia Abachy. Po nagłej śmierci Abachy 8 czerwca 1998 Ọbasanjọ został wypuszczony na wolność przez nową głowę państwa, Abdulsalami Abubakara. Podczas pobytu w więzieniu Ọbasanjọ stał się nowo narodzonym chrześcijaninem (był uczniem kaznodziei dr. Danny’ego McCaina).