Prezydent Olusẹgun Ọbasanjọ uzyskał nominację Ludowej Partii Demokratycznej (PDP) jako jej kandydat na prezydenta. Wygrał wybory przeprowadzone 27 lutego 1999 r., uzyskując 62,6% głosów i 29 maja tego samego roku objął urząd, zostając w ten sposób pierwszym cywilnym prezydentem Nigerii po ponad 15 latach rządów wojskowych. W czasie swojej prezydentury odbył wiele podróży zagranicznych, starając się naprawić negatywny wizerunek Nigerii, jaki dominował w państwach zachodnich w wyniku działań poprzedników. W polityce wewnętrznej skłócony był zarówno z dwuizbowym parlamentem, jak i z własną partią. Udało mu się jednak przetrwać próby impeachmentu i wprowadzić ustawy antykorupcyjne, a także uzyskać nominację na kandydata PDP w następnych wyborach.
Wybory z 19 kwietnia 2003 nabrały charakteru religijnego, gdyż głównym oponentem Ọbasanjọ został gen. Muhammadu Buhari (wojskowy przywódca Nigerii w latach 1983–1985), który miał poparcie muzułmańskiej północy kraju. Jednocześnie dopatrzono się nieprawidłowości w przebiegu głosowania, ostatecznie jednak Ọbasanjọ ponownie został wybrany prezydentem z przewagą 11 milionów głosów nad Buharim.